Korkea-aktiivinen jäte sisältyy käytettyihin polttoainenippuihin, joita säilytetään ydinvoimalaitosten vesiallasvarastoissa. Niistä käytetty polttoaine siirretään aikanaan loppusijoitusalueelle rakennettuun laitokseen, jossa jäte pakataan loppusijoitusta varten säiliöihin eli loppusijoituskapseleihin. Kapselointilaitosta aletaan rakentaa aikaisintaan 2010-luvun alkupuolella.
Ydinjäte pakataan loppusijoitussäiliöihin maanpäällisessä kapselointilaitoksessa. Ydinjätteen käsittelyyn käytetään laitoksessa lähinnä kauko-ohjauksella toimivia laitteita.
Toisin kuin ydinvoimaloissa, kapselointilaitoksessa ei ole korkeita lämpötiloja tai paineita. Käytetty ydinpolttoaine itsessään ei voi räjähtää, eikä kapselointilaitoksessa käytetä helposti syttyviä aineita. Laitoksen suunnittelussa ja käytössä on myös varauduttava vahingonteon estämiseen.
Ydinjätekapseli koostuu raudasta valmistetusta sisuksesta, jota ympäröi noin viisi senttiä paksu kuparisäiliö. Valmiit kapselit lasketaan kallioon tehtyihin loppusijoitustiloihin. Tilat koostuvat tunneliverkosta, joka louhitaan kallioon 400-700 metrin syvyyteen.
Ydinjäte eristetään ympäristöstä useilla erilaisilla esteillä, jotka varmistavat toisistaan riippumatta, ettei radioaktiivisia aineita pääse luonnon kiertokulkuun. Esimerkiksi korroosiota kestävä loppusijoituskapseli ja sitä ympäröivä bentoniittisavi eristävät ydinjätteen kalliosta ja pohjavedestä. Loppusijoituspaikan kallioperän täytyy olla radioaktiivisten aineiden eristyksen kannalta hyvälaatuista, esim. jätekapselien ympäristössä on oltava erittäin vähän pohjaveden virtauksia. Jos pohjaveteen joutuu radioaktiivisia aineita, niitä kiinnittyy ympäröivään kallioon, joten ne liikkuvat kalliossa pohjaveden virtausta hitaammin.
Loppusijoitus on suunniteltava ja toteutettava niin hyvin, että sen turvallisuutta ei tarvitse valvoa, kun loppusijoitustilat on suljettu. Valtioneuvoston päätös kuitenkin edellyttää, että jätekapselit on tarvittaessa voitava poistaa loppusijoitustiloista niiden sulkemisen jälkeenkin. On myös mahdollista, että loppusijoitustiloja tarkkaillaan loppusijoitustoimien päätyttyäkin, mutta siitä päätetään aikanaan.
Jo metrin paksuinen kallio riittäisi pysäyttämään kallioon sijoitetun ydinjätteen säteilyn tasolle, joka olisi ihmiselle turvallinen. Ydinjäte sijoitetaan kuitenkin satojen metrien syvyyteen, jotta ihmisen toimet tai luonnonmullistukset eivät yltäisi vahingoittamaan loppusijoitustiloja tulevaisuudessakaan.
